이사장의 부인이 총장인 강원도 소재 A 대학에서는 지난달 10일 이 대학 실·처장과 학부장 등 보직자들이 불합리한 학교 행정에 문제를 제기하며 자진사퇴를 요구했다. 이 대학 보직 교수들은 총장이 "법인이 부담해야할 교양관 신축건설 경비를 교비에서 지출하려고 시도했다"고 밝혔다.   

이에 앞서 이대학 교수협의회는 "이사장의 부인이 총장으로 부임한 이후 학내 행정이 송두리때 흔들리고 있다"며 퇴진을 요구한바 있다. 이 대학 노조에 따르면 이사장의 부인인 신임총장이 부임한 이후 하루 평균 0.7건씩 잦은 인사가 이뤄진 것으로 알려졌다. 이 대학에서는 전임 총장이 "재단에 충성서약을 하지 않는 총장은 아무 것도 할 수 없다"며 사직서를 제출하기도 했다. 

이사장의 아들이 총장을 맡고 있는 서울 B 대학에서는 지난 23일 교수협의회, 직원노조, 총학생회가 교비유용 의혹을 제기하며 교육부에 감사를 요청했다.  교협과 직원노조는 "현 총장이 이사장 집 가정부의  급여, 법인소유 빌딩관리인의 봉급을 교비로 지급했다"며 교비유용사실을 폭로했다. 교협은 교육부에 제출한 진정서에서 2002년 국고보조금 7억원을 재단전입금으로 위장했다는 의혹도 제기했다. 이에 대해 이 대학 총장은 법인 빌딩 관리인과 이사장 집 가정부에 대한 급여지급 사실은 인정하고 시정하기로 약속했지만 교협과 직원노조 등은 총장이 대학을 개인사유물로 인식하고 있으며, 자질에 문제가 있다며 거듭 퇴진을 요구하고 있다.

한편, 지난 19일에는 2002년 전임강사 신규임용에서 자격요건에 미달되는 것을 알고도 임용한 혐의로 B 국립대 총장과 당시 전형위원장이 불구속 입건됐다. 경찰은 지난해 9월에 B 대학에 임용된 K 교수가 전임강사가 석사과정을 이수한 사실이 없고, 외국에서 받은 석·박사 학위도 학술진흥재단에 신고하지 않은 것을 알면서도 이 대학 총장이 사실조사를 하지 않은 채 임용한 협의를 두고 있다. B 대학은 단순히 연구자 현황파악을 위해 등록하고 있는 학술진흥재단의 외국 학위자 신고제도를 '학위 인증'으로 활용, 지원자격에 포함했다가 이와 같은 결과를 불렀다.